超凈工作臺在管理上應制定相應的監控規程。其主要內容如下

1.定期監測超凈工作臺、無菌隔離系統的內表面的微生物學質量及其內部的空氣質量(粒子和微生物)要求所用的過濾器應能確保使大于等于0.3um的粒子的截留率達到99.97%以上。層流空氣的流速必須足以取出工作空間的粒子。通常，在距濾波器下游15—30cm的平面(工作區)中，理想的層流速度應控制在0.36—0.54m/s之間

2.過濾器的完好性和層流速率應經過確認，在安裝完備后須在使用現場進行完好性(泄漏)檢查和過濾效率(性能)測試。此后必須定期進行此類測試(通常每半年至少檢查一次)

3.日常管理造成設備運行不穩定，環境監測結果異常，微生物檢測結果偏差呈上升趨勢，必須進行健全性檢測和性能測試。這種檢測非常重要，可以有效地避免無菌操作帶來的潛在污染風險。無菌作業時應同時監測操作區空氣和操作臺表面的微生物學質量，實驗時應同時進行陰陽性對照試驗。